ggplot2で折れ線グラフ(2)

前回の続き

ggplot2で折れ線グラフ(1)
前回の続き なんか、ggplot2の、stat_summary()関数を重ね合わせようとしても、うまくいかず。 →以下の...

今回は、以下のサイトを写経してみたい。

2015年 08月 20日
ggplot2を使ったグラフ作成(折れ線、時系列)
http://datator.exblog.jp/24805889/

(環境)
Windows 8.1 Pro
R Studio 1.1.383

(1)データの準備

image

以下、knit htmlして出てきたもの(表は画像をコピペ)をコピペ。

ggplot2 で時系列データの折れ線グラフ

Introduction

以下のサイトを写経してみる。

ggplot2を使ったグラフ作成(折れ線、時系列)
http://datator.exblog.jp/24805889/

データの作成

実験。培養細胞をシクロヘキシミドで処理して新規蛋白質合成を止めて、ある蛋白質がどのおうに変化するか、時間経過で測定。(expaシリーズ)
別の薬剤を添加して、蛋白質を測定。(expbシリーズ)
実験は3回繰り返す。

image

それぞれの実験データを個々にプロット

ggplot2と、reshape2の利用
reshape2は、データフレームの再配置に便利なパッケージ
reshape2に含まれるmelt()関数を用いて、データを時間軸と実験ロットによって再配置。

image

測定ポイントをドットで示すときは、geom_point()を用いる。

expaとexpbの平均の折れ線グラフ

data_plot_individualsのvariableを、グループ2つ(expaとexpb)に分ける。

image

dplyrパッケージの利用

image

平均の折れ線グラフ

エラーバー

測定点にポイント図形も入れる。

縦軸を指定

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論文用グラフその1

縦軸横軸の線を入れて背景を白に、線はカラー

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軸項目名などのスタイルを調整

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横軸を0から開始。

今回は自動的に、x軸もy軸も0より少し小さい値から始まっている。

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論文用体裁その2

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やっと、なんか、それらしくなってきたかもしれない。

次は、以下のサイトを写経してみたい。

https://stats.biopapyrus.jp/r/ggplot/geom-line.html

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