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「Rでグラフ作成」-基礎の基礎の入門編-を写経してみる

以下のサイトが非常に分かりやすいので写経してみる！

https://www.agr.nagoya-u.ac.jp/~seitai/document/R2009/R_graph_yk.pdf
image

使用するデータも、以下のページからダウンロードできる。

R講習会 2009 のお知らせ

file:///C:/r/nagoya/R%20%E8%AC%9B%E7%BF%92%E4%BC%9A%202009%20%E3%81%AE%E3%81%8A%E7%9F%A5%E3%82%89%E3%81%9B.html

（環境）
Windows 8.1
Excel 2016
R Studio 1.1.383

（１）データのダウンロード

以下のページから、「使用データ」をダウンロードして保存。data.xls という名前のエクセルファイルである。

file:///C:/r/nagoya/R%20%E8%AC%9B%E7%BF%92%E4%BC%9A%202009%20%E3%81%AE%E3%81%8A%E7%9F%A5%E3%82%89%E3%81%9B.html
image

data.xls を開いて、csv形式で保存。

image

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（２）data.csv　の読み込み 

data <- read.csv("c:/r/nagoya/data.csv")
head(data)

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Knit html で出力したhtmlファイルを、一部、以下にコピペ

データをエクセルで作成し、csvファイルで保存。

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●　csvファイルの読み込み

data <- read.csv("c:/r/nagoya/data.csv")
head(data)

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●　列の名前 row namesの確認　names()

names(data)
[1] "date"           "period"         "species"        "N"              "X"              "X.date..採集日"

●　全体のデータのうち、個体数（N）だけ知りたい　$

data$N   # dataの中のN
 [1]   0   0   0   0  16   0   0   0   0   0   0   1  20  15   0  30  73   4   3   6   2  36   6 161 141   0   1  14   0   0
[31]  36 503   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   5   0   0   0   0   0   0   0   3   0   0   0   0
[61]   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0

●　全体のデータのうち、どんな種類のキクイムシがいるかが知りたい levels()

levels(data$species)

[1] "han-noki"    "hane-mijika" "kana-kugi"   "kashiwa"     "mikado"      "sei-ryori"   "todo-matsu"  "tycon"

●　キクイムシの種数がほしい　nlevels()

nlevels(data$species)

[1] 8

●　全体のデータのうち、種speciesがhane-mijika　という条件の個体数Nだけ知りたい

条件は、[ ] で囲む。== を２つつなげる。文字の場合は、” ” で囲む。

data$N[data$species=="hane-mijika"]
[1]  0  0  6 36  0  1  0  0  0

●　クロス集計　table()

table(data$species, exclude=NULL)


   han-noki hane-mijika   kana-kugi     kashiwa      mikado   sei-ryori  todo-matsu       tycon 
          9           9           9           9           9           9           9           9 
       <NA> 
          0

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（３）関数plot()

# plot("X軸","Y軸")
x <- c(1:10)
y <- c(10:1)
plot(x,y)

In strsplit(code, "\n", fixed = TRUE) :
  input string 1 is invalid in this locale

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# hane-mijikaの個体数
N <- data$N[data$species == "hane-mijika" ]
plot(date, N)

プロットの形

pch = 数字, pch = “文字”

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par(mfrow=c(2,2))
plot(date, N, pch=3)
plot(date, N, pch=20)

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plot(date, N, pch="$")
plot(date, N, pch="A")

色の変更

col = “color”
col = “数字”
##cf. colors

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par(mfrow=c(2,2))
plot(date, N, pch = 20, col = "red")
plot(date, N, pch = 20, col = "darkblue")

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plot(date, N, pch = 20, col = 3)

2-3 グラフのタイプを変更

plot(x, y, type = “文字”)
#p, l, b, c, o, h, s, S, n

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par(mfrow=c(2,2))
plot(date, N, pch = 20, col = "red", type = "p")
plot(date, N, pch = 20, col = "red", type = "l")

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plot(date, N, pch = 20, col = "red", type = "b")
plot(date, N, pch = 20, col = "red", type = "n")

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2-4 グラフのタイトル、x軸やy軸に名前を入れられる

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plot(date, N,
     pch = 20,
     col = "black",
     type = "b",
     xlab = "Collection date of the beetle",
     ylab = "Number of individuals")

2-5 一枚のシートに複数のグラフを重ねる

In strsplit(code, "\n", fixed = TRUE) :
  input string 1 is invalid in this locale

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# "hane-mijika"の日付
date <- data$period[data$species == "hane-mijika" ]
# "hane-mijika"の個体数
N <- data$N[data$species == "hane-mijika"]
 
# tyonのデータを読み込む
#"tycon"の日付
data_t <- data$period[data$species == "tycon"]
#"tycon"の個体数
N_t <- data$N[data$species == "tycon"]
 
# "hane-mijika"の折れ線グラフ
plot(date, N,
     pch = 20,
     col = "black",
     type = "b",
     xlab = "Collection date of the beetle",
     ylab = "Number of individuals")
 
# グラフを重ねるときはplotではなく、pointsを使う
points(data_t, N_t,
       pch = 20,
       col = "red",
       type = "b")

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2-6 グラフにタイトル・凡例をつける

title(main = “dynamics of ambrosia beetles”)

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date <- data$period[data$species == "hane-mijika" ]
N <- data$N[data$species == "hane-mijika"]
data_t <- data$period[data$species == "tycon"]
N_t <- data$N[data$species == "tycon"]
plot(date, N,
     pch = 20,
     col = "black",
     type = "b",
     xlab = "Collection date of the beetle",
     ylab = "Number of individuals")
points(data_t, N_t,
       pch = 20,
       col = "red",
       type = "b")

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title(main = "dynamics of ambrosia beetles")
legend("topright", c("hane-mijika", "tycon"),
       pch = 20,
       col = c(1, 2))

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少しだけ、Rでグラフが描けるようになった気がする。

 

本当は、ｘ軸のラベルを変更したい。

2-7 グラフのx軸の目盛を文字列にする

plot(…, xaxt=“n”) # 元の目盛を非表示にする

axis()関数を用いて、目盛を文字列の配列に置き換える。 sideとか、atとか必須。 axis(side=1, at=0:7, labels=c(“Day0”, “Day1”, “Day2”, “Day3”, “Day4”, “Day5”, “Day6”, “Day7”))

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date <- data$period[data$species == "hane-mijika" ]
N <- data$N[data$species == "hane-mijika"]
data_t <- data$period[data$species == "tycon"]
N_t <- data$N[data$species == "tycon"]
plot(date, N,
     pch = 20,
     col = "black",
     type = "b",
     xlab = "Collection date of the beetle",
     ylab = "Number of individuals",
     xaxt = "n")
points(data_t, N_t,
       pch = 20,
       col = "red",
       type = "b")

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title(main = "dynamics of ambrosia beetles")
legend("topright", c("hane-mijika", "tycon"),
       pch = 20,
       col = c(1, 2))

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axis(side=1, at=c(0, 50, 100, 150), labels=c("Day0", "Day50", "Day100", "Day150"))

 

次は、ggplotの使い方の勉強かな。。。ggplotいらないかな。。。

 

 

 

(参考)

2015.01.30 統計学・R
【R】条件に合う行数をカウントする方法
https://winlabo.com/post-814

table 関数を使ったクロス集計
http://nshi.jp/contents/r/crosstab/

2014-07-05
軸の目盛りを文字列にする
http://jundoll.hatenablog.com/entry/2014/07/05/234337

R 使い方 軸と目盛りの調整まとめ グラフの描き方
2016年8月23日  bioinfo-dojo
http://bioinfo-dojo.net/2016/08/23/r_graph_axisinfo/

R 使い方 軸・ラベルの調整（向き・サイズ・色など） グラフの描き方
2016年11月24日  bioinfo-dojo
http://bioinfo-dojo.net/2016/11/24/various_axis_r/

R でプログラミング：データの一括処理とグラフ描き
13. 見栄えのよいグラフ（その２）：複数の図と軸の説明（+ 日本語の表示）
updated on 2009-03-31
http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/chapter_13.html

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Posted by twosquirrel