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RStudioでRMarkdown(1)

RStudioをググっていた時にたまたま見つけたページ

R Markdownで楽々レポートづくり
第1回 レポートづくりのオートメーション化 ~素早く・ミスなく・再現可能に~
2015年5月8日
高橋康介
http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown/0001

これをやってみたい!というか、可能ならば、普段から使用してみたい!

 

RMarkdownというものを使うと、レポート作成をオートメーション化できるらしい。

何らかの実験データなどの統計をとり、それをレポートにする場合、実験データが増えたり、減ったり、差し替えられたとき、今までは、統計を最初からすべてやり直し、その結果をワードファイルにコピペするという作業を行っていた。

RMarkdownをうまく使用すれば、

「レポートの文書を作成・編集しながら,図・表・数値を埋め込みたい場所に,その分析を行うコードを記述しておき、元データが書き換えられたら、自動的に(?)再度、統計の計算が行われて、統計の結果が自動的にレポート内で更新される」

らしい。(そんなうまいことってあるのか?バージョン管理は?(→もしかして、こここでgitの登場か?))

(環境)
Windows8.1
R version 3.2.2(2015-08-14)
R Studio 0.99.903

(0)参考動画

(1)RMarkdownのインストール

File > New File > R Markdown

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うわっ、文字化けしてる。。。

何も起こらない、、、RStudioを再起動

うまくいかない、、、なぜだ、、、

第2回 レポートづくりを加速せよ ~R Markdown環境の導入&チュートリアル~
リスト
2015年5月22日 高橋康介
http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown/0002

RStudio上で、パッケージをインストールできない 18th November 2013
http://banker0507.blogspot.jp/2013/11/rstudio.html

RGUI(64bit)を起動して、RMarkdownのインストールを試みる。

install.packages("rmarkdown", dependencies = TRUE)

pandocのインストール

https://github.com/jgm/pandoc/releases/tag/1.18

のページの一番下の Downloads から、pandoc-1.18-windows.msi をダウンロードしてインストール。

image image

RGui(64-bit)を再起動

library(rmarkdown)
pandoc_available()

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なんか警告メッセージが出るが、いけそうかな?

RStudioを再起動

File > New File > R Markdown

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おおっ!

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Ctrl + S で保存。文字コードは、とりあえず、UTF-8 にしておく。

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画面の上の方の、Knit HTML をクリックすると、何やら計算されて、、、

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html ファイルしか入っていない!図などは、その都度、Rで計算されて表示されているということか、、、

htmlファイルをブラウザで開き、PDFで保存すると、以下のようなPDFファイルに。

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RMarkdownから直接PDFを出力することもできるそう。(なんか追加でインストールが必要らしい)

なんと、ワードファイルが簡単に出力できる。

Knit HTML の右横の三角ボタンをクリックして、Knit Wordにすると、Wordファイルが作成される!この中のグラフならコピペできる!感動!

image

 

RStudioでのRMarkdownは、環境構築がやや難しかった(Rstudioからではなく、RGui(64-bit)から、packageをインストールする必要があった)が、なんとかHello Worldできた。

これから、可能であれば使ってみたい。

 

っていうか、ここまでくると、RStudio Serverを使ってみたくなってしまう。

R による分析環境構築 (RStudio Server)
Salingerが2015/04/11に投稿
http://qiita.com/Salinger/items/450506ede57707ab1f55

Openshiftではできないかなあ。。。

(参考)

【まとめ】RMarkdown2で何が変わったのか?
uriが2014/06/21にKobitoから投稿(2015/06/02に編集)http://qiita.com/uri/items/0c3b3f918f79b3e3e6d4

2014年版RStudioを使った文書作成法
uriが2014/12/14に投稿
http://qiita.com/uri/items/5cce4431ad0d96b96689

RStudioから使えるR Markdownで日本語のPDFを作成する 2014-10-15
http://bicycle1885.hatenablog.com/entry/2014/10/15/032024

 

 

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Posted by twosquirrel